Главная сюжетная линия начинается с заставки игры и генерации персонажа. Главного героя — узника, рождённого под определённым знаком от неизвестных родителей — отсылают в провинцию Морровинд, на остров Вварденфелл, где освобождают и вручают пакет, который поручают передать одному жителю города Балморы. На этом заканчивается обязательная часть мейнквеста — игрок волен поступать с пакетом и поручением как угодно. Сюжетная линия обрывается при убийстве некоторых
к
лючевых персонажей. Финалом основной сюжетной линии становится убийство антагониста .
В случае выполнения первого задания игроку дается возможность поступить в орден Клинков. Его куратор, глава ордена, поручает ему узнать как можно больше о пробуждении Шестого Дома и пророчествах о Нереварине. Исполняя задания, игрок узнает, что сам может являться Нереварином, воплощением древнего данмерского героя. Исполнив некоторые пророчества о Нереварине, игрок, заручивший поддержкой бога Вивека или убив его, получает необходимые для убийства Дагот Ура артефакты. Проникнув в цитадель Дагот Ур, он уничтожает сердце Лорхана — источник силы Дагот Ура и богов Трибунала и убивает Дагота, после чего получает награду от богини Азуры.
